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微生物主要分為以下幾類:

  • 原核微生物:細菌(Bacteria)/ 古菌(Archaea)
  • 真核微生物:真菌(Fungi)/ 原生動物(protozoan)/ 藻類(algae)
  • 非細胞生物:病毒(virus)/ 類病毒(virusoid)/ 擬病毒(viroid)/ 朊毒體(亦稱朊毒體、蛋白質質感染性顆粒,prion)

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細菌(Bacteria)

大腸桿菌

Escherichia coli

大腸桿菌是一種兩端鈍圓、能運動、無芽孢的革蘭氏陰性短桿菌。大部分的大腸桿菌不會致病,但有些血清型會造成嚴重的食物中毒或食物污染。無害的菌株是人體腸道中正常菌叢的一部份,會製造維他命K、防止腸道中其他致病菌的生長,對人體有益。大腸桿菌經常透過糞便排放而散布到環境中

每個人每天平均從糞便中排出1011到1013個大腸桿菌。各種糞便細菌和類似的生活在土壤或植物降解物中的細菌(最常見的是產氣腸桿菌,學名Enterobacter aerogenes)一起被歸爲「大腸桿菌群」(coliform)。

在水淨化和汙水處理領域,因大腸桿菌在糞便中數量極多,故常用為檢查水源是否被糞便污染的標誌,其測量標準爲大腸菌群指數。此外大腸桿菌多數情況下無害,不會從實驗室「逃脫」而傷害人類。利用大腸桿菌作爲糞便污染的指示物也可能產生誤導性的結論,因爲其它環境如造紙廠中,大腸桿菌也可大量存在。

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綠膿桿菌

Pseudomonas aeruginosa

是一種革蘭氏陰性菌、好氧、呈長棒形的細菌,只有單向的運動性。牠是一種機會性感染細菌,且對植物亦是機會性感染的。

綠膿桿菌是一種令免疫受損的機會性感染病原,一般影響肺部及泌尿道,或造成燒傷、傷口及其他血液感染,如敗血病。雖然很不常有,但綠膿桿菌亦會造成肺炎。在隱形眼鏡清潔不完全的狀況下也有機會造成眼睛角膜感染。在很多與呼吸器有關的肺炎研究中指出,綠膿桿菌是其中一種需要隔絕的細菌。綠膿菌素(pyocyanin)-一種藍綠色的有毒代謝物,就是綠膿桿菌的致病因子之一,且在氧化應激下能使秀麗隱桿線蟲死亡,但是有研究指水楊酸能抑制綠膿菌素的生成。10%在醫院感染的病症都是由綠膿桿菌所引致的。囊腫性纖維化病人的肺部是最先感染綠膿桿菌的一群。在缺乏適當處理食水質素下,牠亦是引致皮膚炎的其中一種細菌。牠也是造成燒傷感染最普遍的細菌。

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白色念珠菌

Candida albicans

是一種能造成伺機性感染的酵母菌,常見於人類消化道與泌尿生殖道的菌群,約有四成至六成健康成人的口腔與消化道中都有白色念珠菌,平時與人體行片利共生,但可在人體免疫缺陷時過度生長而造成念珠菌,是念珠菌屬最常見的致病菌種,與熱帶念珠菌、近平滑念珠菌、光滑念珠菌和克魯斯念珠菌合計造成了95%的念珠菌症感染,其中白色念珠菌便占了66%,但此比例正持續下降中。白色念珠菌造成的感染有口腔、食道與陰道等處的局部黏膜感染,也有嚴重的全身性感染,有研究指出後者的致死率高達40%,另有一項統計顯示白色念珠菌造成的院內感染在美國每年造成2,800至11,200人死亡。白色念珠菌也是最常在醫療器材上形成生物薄膜的真菌,生物薄膜中的白色念珠菌抗性比游離成長者還高,可隨著醫療器材入侵血液中而造成嚴重感染。

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金黃色葡萄球菌

Staphylococcus aureus

為一種革蘭氏染色陽性球型細菌。金黃色葡萄球菌在顯微鏡下排列成葡萄串狀,金黃色葡萄球菌無芽孢、鞭毛,大多數無莢膜。是常見的引起食物中毒的致病菌。常見於皮膚表面及上呼吸道黏膜。金黃色葡萄球菌可以適應含高濃度氯化鈉的培養基,因此可以用這種選擇培養基將該菌分離出來。

金黃色葡萄球菌為表皮之正常菌叢,常造成伺機性感染。細菌引起不同程度的化膿性炎症擴散疾病,如癤、癰、中耳炎、鼻竇炎、骨髓炎和膿毒病等。金黃色葡萄球菌已經進化出了抵抗免疫系統攻擊的特徵。

金黃色葡萄球菌的金黃色來源於細菌所製造的類胡蘿蔔素葡萄球菌黃素,這色素可以抵抗身體免疫系統為了殺死病菌而製造的被白血球釋放的活性氧。這樣金黃色葡萄球菌就可以免於被活性氧殺死。

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抗藥性金黃色葡萄球菌
Staphylococcus aureus subsp. aureus

多重抗藥金黃色葡萄球菌(Multiple-resistant Staphylococcus aureus)是金黃色葡萄球菌的一獨特菌株,對幾乎所有青黴素類抗生素具有抗藥性,包括甲氧西林(Methicillin)及其他抗β內醯胺酶的青黴素。MRSA首次發現於1961年的英國,現時已廣泛散播,被稱為「超級細菌」。

抗藥性金黃色葡萄球菌感染主要透過直接傳播,身體接觸、皮膚有傷口、擠迫環境及個人衛生欠佳,亦有可能造成感染。而病患者的雙手若接觸過傷口及分泌物,有可能將病菌帶到身體其他部分。而健康人士亦可能成為帶菌者。

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陰道加德納菌

Gardnerella vaginalis

細菌性陰道病泛指由多種致病菌在陰道內大量繁殖引起的一種疾病,它主要導致陰道生態平衡的失調,使陰道處於一種病理狀態。1984年被醫學組織正式命名為細菌性陰道病引起細菌性陰道病的細菌主要是陰道加德納菌Gardnerella vaginalis。

陰道加德納菌Gardnerella vaginalis屬厭氧性,容易在陰道內生長。一旦陰道內環境和酸鹼度發生改變,如反覆陰道沖洗、濫用藥物等,陰道加德納菌Gardnerella vaginalis和某些厭氧菌就會大量繁殖,而產生細菌性陰道病時,尤其是性生活後,由於鹼性的精液進入了陰道,進一步促進了陰道加德納菌Gardnerella vaginalis及厭氧菌的生長繁殖,引起大量的胺類物質釋放,於是陰道內就散發出腐敗的魚腥味。

楊維真醫生

表皮葡萄球菌

Staphylococcus epidermidis

表皮葡萄球菌是革蘭氏陽性細菌,以及屬於埃希超過40種的一個金黃色葡萄球菌。它是正常人類菌群的一部分,通常是皮膚菌群,少部分是粘膜菌群。它是兼性厭氧菌。儘管表皮葡萄球菌通常不是致病性的,但免疫系統受損的患者有感染的風險。這些感染通常是醫院獲得的。表皮葡萄球菌對有導管的人特別重要或其他外科植入物,因為已知會形成在這些設備上生長的生物膜。表皮葡萄球菌是 正常皮膚菌群的一部分,是送往診斷實驗室的標本的常見污染物。

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痤瘡丙酸桿菌

Propionibacterium acnes

和皮膚疾病粉刺息息相關,是一種生長相對緩慢的典型革蘭氏陽性菌,杆狀,兼性厭氧。它會引起慢性瞼炎以及眼內炎,特別是後者還需要眼科手術解決。細菌的基因組中測序列工作中已經進行的一項研究顯示,一些基因會產生分解皮膚的酶和可能免疫原性的蛋白。

這種細菌在很大程度上是偏利共生的,並且是存在於大多數健康成年人的皮膚上皮膚菌群一部分。它通常在健康青春期的少年的皮膚上是幾乎檢測不到的。它主要依賴通過在毛囊皮脂腺分泌的皮脂脂肪酸為生,並依賴其他食物為生。

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肺炎鏈球菌

Streptococcus pneumoniae

是一種球狀的革蘭氏陽性菌。肺炎鏈球菌於1880年代已被發現能引致肺炎。肺炎鏈球菌於1926年的最初名字是肺炎雙球菌(學名Diplococcus pneumonia),因牠在革蘭氏染色中的特徵。於1974年,因牠在液體媒介中鏈的長成,而被重新命名為肺炎鏈球菌。因牠是肺炎的病原因子,一般都會稱牠為肺炎球菌。

肺炎鏈球菌是一種普遍導致成人感染細菌性腦膜炎的病菌,亦是首兩種在中耳炎發現的分離株。由肺炎鏈球菌引致的肺炎是在年幼或年長的人中最經常出現。

傳染途徑可經由人與人之間直接接觸到帶菌的口鼻分泌物,或經由 吸入含有此病原菌之飛沫,通常需要長時間或密切接觸才可能遭受感染。肺炎鏈球菌的帶菌者可能會因為本身免疫功能減低或同時感染呼吸道病毒性疾病等,導致細菌從呼吸道或血液侵襲器官,進而引發中耳炎、敗血症、菌血症、肺炎及腦膜炎。

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克雷伯氏肺炎菌

Klebsiella pneumoniae

是腸桿菌科克雷伯氏菌屬的一種,屬於革蘭氏陰性菌,桿狀,有大量黏性的多醣形成的莢膜包覆。克雷伯氏肺炎菌可以在人類,特別是免疫力低弱的個體造成肺炎、尿路感染、菌血症等等感染症。然而除了院內感染之外,近年來社區型感染也漸漸增加。在台灣的糖尿病病患中,克雷伯氏菌經常是造成肝膿瘍(liver abscess)的病源。克雷伯氏菌可以進行乳糖發酵,屬於兼性厭氧生物,它是目前檸檬酸發酵被研究的最清楚的微生物。

德國微生物學家艾德溫·克雷伯(Edwin Klebs)首先描述了克雷伯氏肺炎菌,此菌後來因此得名。

1996年,美國北卡羅納州出現具有A類碳青黴烯酶的克雷伯氏肺炎菌,全名為「克雷伯肺炎桿菌碳青黴烯酶」(KPC,Klebsiella pneumoniae carbapenemase),能使碳青黴烯類抗生素失去藥效。

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皮屑芽孢菌 (秕糠色馬拉癬菌)

Malassezia furfur

馬拉色菌屬(以前被稱為糠秕孢子菌)是一種真菌界的屬,被認為是酵母類真菌,本屬的物種自然存在於人和動物的皮膚上。如果它導致機會性感染,則可以在胸背等部位引起色素淡化hypopigmentation
 
馬拉色菌屬最初是由法國科學家路易斯-查理·馬拉色在19世紀的時候發現的。雷蒙·薩博勞在1904年發現了一種導致頭皮屑的微生物,並且命名為秕糠馬拉癬菌(Pityrosporum malassez),以紀念馬拉色本人。但這個命名在當時指的是這一個物種,而不是一個屬。當後來發現這兩次發現的物種是同一種微生物之後,「馬拉色」這個名字就根據命名優先原則被保留下來。
 
秕糠馬拉癬菌 M. furfur 在人類疾病中扮演的角色
近年來鑑別皮膚上馬拉色菌的手段與法醫用來鑑別嫌疑犯的分子學或者基因相關的技術手段很類似,這些研究表明這種菌屬能引起絕大多數的皮膚病,比如大部分情況下的頭皮屑和脂溢性皮炎是球形馬拉色菌屬引起的(雖然通常也和限制性馬拉色菌屬有關)。花斑癬通常也和這種真菌的感染有關。
 
由於這種真菌需要油脂來生長,因此它通常會感染[脂腺]發達區域,例如:頭皮、臉部以及上半身。當這些真菌繁殖速度過快時,細胞的自然更新過程就會受到干擾,瘙癢及皮屑就會出現(和其它真菌或者細菌感染的情況類似)。球形馬拉色菌在人的頭部皮膚上的數量可以超過一千萬個。
 
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